Los carlistas que permanecieron leales a Don Carlos considerarían este convenio la razón de su derrota militar. Finalizada la guerra civil, hubo casos de excombatientes carlistas que, aun habiéndose acogido al indulto del gobierno, fueron víctimas de acusaciones, persecuciones y encarcelamientos, lo que obligó a algunos de ellos a volver a echarse al monte. Dos días después fue derrotado por tropas leales al gobierno, juzgado y fusilado. Merecen ser citados Roberto Chapman, Guillermo Rule y George Alexander y los españoles Juan Calderón y Francisco de Paula Ruet. Nadie podrá ser compelido a declarar oficialmente sus creencias religiosas. Un conjunto de tropas, lideradas por Antonio van Halen y por Espartero, atacaron y bombardearon la ciudad del 16 de julio al 23 del mismo mes sin conseguir rendirla.
En esa época se produjo también la abolición definitiva de la Inquisición, que había recibido con el libro de Juan Antonio Llorente una crítica demoledora. Atentado de ETA contra un autobús militar junto a San Juan de los Panetes (Zaragoza) en donde son asesinadas dos personas. Los primeros años del siglo son también los del lanzamiento de una cabecera periodística que representará la opinión católica: el diario El Debate. Las disposiciones relativas a la libertad religiosa y determinadas limitaciones previstas en la constitución (artículos 26 y 27) son interpretadas habitualmente en el sentido de que la Segunda República Española dispuso de una legislación claramente anticlerical.
“Las empresas turísticas han visto una buena oportunidad en este sentido y están diseñando productos para este mercado -explica Sònia Gil-Gibernau-. El Gobierno provisional concede mediante decreto la libertad de culto en 1868. En este periodo se fundaron públicamente Iglesias, escuelas, periódicos, editoriales, hospitales, hogares de ancianos y orfanatos. Como mencionamos anteriormente, la diversión es una de las principales ventajas de los campamentos de inglés, y es que en este tipo de cursos de verano la metodología de enseñanza es muy rica. El 24 de enero de 1869 Julio Vizcarrondo (abolicionista de origen puertorriqueño), como presidente del Comité Central de la Unión Evangélica Española, obtuvo licencia municipal para celebrar públicamente culto protestante en Madrid. Las manifestaciones públicas del culto habrán de ser, en cada caso, autorizadas por el Gobierno. En la práctica, las más importantes y polémicas eran la supresión del presupuesto de Culto y Clero y las exenciones impositivas, y las relativas a la enseñanza y la supresión de la Compañía de Jesús.
En los colegios evangélicos, se instauraron los últimos métodos pedagógicos europeos, camisetas nba abogando por la supresión del axioma de que la letra con sangre entra y favoreciendo una enseñanza plural y mixta al estilo de la Institución Libre de Enseñanza. Para 1902, la Institución Libre de Enseñanza y otras instituciones laicas no llegaban a las cien escuelas, mientras que las dirigidas por instituciones religiosas eran casi cinco mil, repartidas entre 294 comunidades religiosas masculinas y 910 femeninas. Con la creación del Ministerio de Instrucción Pública comenzó un enfrentamiento explícito entre los gobiernos liberales y la enseñanza religiosa. El reinado de Isabel II comenzó con un enfrentamiento claro de los liberales contra el clero, pero la situación se recondujo tras el abrazo de Vergara. Tras la Revolución de 1868 la situación de los protestantes españoles se vio notablemente favorecida.